Регистрация судов на Кипре находится в ведении Департамента торгового судоходства Министерства коммуникаций и работ. В Законе о торговом судоходстве не проводится различия между «судами» и «прогулочными кораблями» с точки зрения регистрационных требований. Закон о торговом судоходстве допускает предварительную регистрацию судна, и большинство владельцев выбирает именно этот вариант, так как он дает им время (до 9 месяцев, включая продление срока на 3 месяца), необходимое для совершения всех административных формальностей для целей последующей постоянной регистрации. Для получения свидетельства о предварительной регистрации соответствующее заявление должно быть подано в Министерство коммуникаций и работ через Реестр судов.
Вместе с заявлением подаются следующие документы, в оригинале с нотариальным заверением и/или апостилем:
Владелец судна должен гарантировать, что судно не покинет порт, в котором находится, до проведения надлежащей оценки и получения свидетельства его классификационной группы от имени кипрского правительства. Процедура постоянной регистрации под кипрским флагом должна быть завершена в течение 9 месяцев после предварительной регистрации. Судно не обязательно должно находиться в порту Кипра. Некоторые другие документы также подаются в Реестр судов в этих целях, а именно Свидетельство экспертной оценки и мерительное свидетельство, выданное на Кипре. После получения всех необходимых документов Реестр судов проведет постоянную регистрацию судна и выдаст свидетельство о регистрации.
На Кипре также возможен еще один вид регистрации – это параллельная регистрация. Существует два типа такой регистрации. Регистрация «с параллельным вводом» – позволяет зарегистрировать судно, находящееся под иностранным флагом и зафрахтованное без экипажа, «параллельно» и под кипрским флагом на срок до 2 лет, который может быть продлен по его завершении.
Регистрация «с параллельным выводом» позволяет иностранному лицу или компании зафрахтовать без экипажа судно, находящееся под кипрским флагом, и «параллельно» зарегистрировать его в иностранном реестре на срок фрахтования.
Что касается налогообложения, то налогом не облагается доход, полученный владельцем кипрского судна от эксплуатации данного судна (за исключением рыболовных предприятий, использующий Кипр как свою базу), а также дивиденды, выплачиваемые акционерам из прибыли, полученной от эксплуатации кипрского судна.